Hệ thống lõi lọc nước  được coi là trái tim của mỗi chiếc máy lọc nước, quyết định chất lượng của nước đầu ra. Hệ thống lọc của máy lọc nước  thường có từ 4 - 10 lõi lọc nước, mỗi lõi có một vai trò riêng biệt:

• Lõi số 1: Được sản xuất từ sợi PP (Polypropylene) ép với các lỗ có đường kính chỉ khoảng 5 micron với nhiệm vụ chính là lọc sạch bước đầu tạp chất và bụi bẩn kích thước lớn có trong nguồn nước đầu vào trước khi đi qua các lõi tiếp theo.
• Lõi số 2: Còn được gọi là lõi lọc OCB-GAC (Organic Coconut-Based Granular Activated Carbon), có chứa than hoạt tính có tác dụng hấp thụ và giữ lại các chất hữu cơ, kim loại nặng giúp nguồn nước có chất lượng và an toàn hơn khi sử dụng.
• Lõi số 3: Lõi lọc carbon hay còn được gọi là CTO (Chlorine Taste Odor) với thành phần than hoạt tính được ép thành dạng khối và có kích thước rất nhỏ (chỉ khoảng 1 micro). Lõi lọc này có vai trò khử Clo, clorine và một số chất hữu cơ độc hại  như màu, mùi vị lạ, mỡ không tan trong nước,...